一、DNA微阵列技术的研究应用进展（论文文献综述）
张立存,赵继荣,陈祁青,赵宁,陈文,徐兵,张天龙,杨涛,李玮农[1]（2021）在《基因组学在椎间盘退变遗传病因学研究中的应用进展》文中进行了进一步梳理椎间盘退变（intervertebral disc degeneration,IDD）是引发一系列脊柱相关疾患的病理基础,颈椎病、腰椎间盘突出症等IDD相关疾病已成为全球性公共健康问题,严重影响患者的生活质量并给社会带来沉重的经济负担[1、2]。研究表明,IDD是环境、遗传等多种因素综合影响的结果,其发病机制极其复杂,至今尚未完全阐明[3]。
闫汉,肖鹏峰,刘全俊,陆祖宏[2]（2021）在《DNA微阵列原位化学合成》文中提出高通量、快速、低成本DNA合成是合成生物学、DNA信息存储以及DNA芯片等前沿科技领域的重要核心技术。DNA微阵列原位化学合成方法是在亚磷酸酰胺固相化学合成原理的基础上,整合了微电子学、计算科学、分子生物学、光电化学和微纳加工等学科的相关技术,近30年来得到了迅速的发展和应用。DNA微阵列原位化学合成方法根据不同的碱基分配方式可以分为原位光刻法、光敏抗蚀层合成法、光致酸法、喷印合成法、软光刻合成法、电致酸法和压印法以及以这些技术为基础衍生的各种合成方法等。本文对上述不同的DNA微阵列原位化学合成方法及其技术特点进行阐述,并对未来DNA合成方法的发展趋势进行讨论和展望。合成通量和效率方面基于CMOS芯片的电致酸DNA原位化学合成技术在未来10年内将具备较大的发展空间,通过解决芯片上微电极间氢离子串扰问题,有望实现单片TB级的DNA快速低成本合成。
张玲玲[3]（2021）在《新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用》文中进行了进一步梳理随着国家的日益富强与人们生活质量的逐渐提高,健康已成为所有人都非常关心的话题。但是在偏远地区,医疗基础设施保障相对薄弱,患者在就医时的长途跋涉和检测结果的漫长等待过程中,往往延误了疾病的最佳诊断和治疗时间。为解决医疗过程中这一空间性和时间性的限制难题,一场关于新一代分析和诊断设备的科技革命应运而生,这些新研发的设备具有体积小,操作简易,分析全面且迅速,综合成本低等优势。即时检测（point-of-care testing,POCT）技术的快速发展正是这一科技革命的体现。POCT是一类极具潜力的检测技术,它快速简便,效率高,成本低,有检验周期短、标本用量少等优点。与此同时,在过去20年中,许多科学家和工程师致力于利用移动端消费类电子产品（如扫描仪,光盘播放器和智能手机等）固有成本效益及用户友好特性的POCT分析仪的研究。本论文首先开展了利用蓝光光盘膜的生物芯片实现免刻蚀法表面活化和通道制备的探索性研究;在前期的光驱生物分子检测平台的基础上实现基于mini DVD的数字化技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测;最后实现基于基因芯片的埃博拉病毒诊断。具体内容如下:1.新型生物芯片基底—蓝光光盘膜的研究及其生物阵列的制备。蓝光光盘（Blu-ray Discs,BDs）与CD（Compact Disc）和DVD（Digital Video Disc）相比,具有更大的存储容量和更高要求的制作光盘介质。最新研究发现,蓝光光盘的“Hard CoatTM”薄膜实际上是一种独特的聚合物,可以通过水解的方法活化产生官能团,且对BD表面形貌没有任何物理损坏。值得一提的是,BD膜具有很好的光透明性和无荧光背景的特性,可用于多种生物芯片的制备。BD膜可通过使用无需刻蚀技术的滤纸通道或聚二甲基硅氧烷（Polydimethysiloxane,PDMS）微流控通道制备生物阵列,使用经典的生物素-链霉亲和素结合方式或原理和DNA杂交反应体系,验证了BD膜作为一种新型生物芯片基质在各种检测中的应用潜力。2.基于标准光盘/光驱数字化检测技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测。新生儿感染是指新生儿在出生后的前四周的感染。据估计,每年有多达60万新生儿死于严重的感染,其中90%以上的死亡发生在贫困的地区。到目前为止,还没有理想的诊断方法,生物标志物对新生儿感染的诊断和合理治疗具有重要的指导意义,其中灵敏度高,并对早期诊断具有指导作用的生物标志物主要包括C反应蛋白（CRP）,血清淀粉样蛋白（SAA）和血清降钙素原（PCT）。在这项研究中,我们利用成本低,便携式的基于mini DVD的检测平台,实现了新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测。3.DNA微阵列芯片在埃博拉病毒诊断中的应用。埃博拉病毒（EVD）是由一种丝状单链RNA病毒引起的一种高致命性传染病。2014-2016年西非EVD疫情已造成11325人（39.5%）死亡,是EVD史上规模最大的一次爆发。因此发展一种可用于现场的快速病毒检测方法具有很大的意义,此方法不仅仅用于埃博拉病毒的检测,更对于将来可能发生的其他疾病的检测起到预防蔓延的作用。在本研究中,利用聚碳酸酯（Polycarbonate,PC）基质表面的DNA杂交反应,通过手持式扫描仪实现对埃博拉病毒的快速、简便、低成本检测。
王锐[4]（2021）在《微流控芯片技术结合多重PCR-反向斑点杂交原理同时检测24种人乳头瘤病毒基因型的方法学研究》文中研究指明研究背景:人乳头瘤病毒（HPV）目前已鉴定出超120种基因型,不同基因型能引起不同的临床表征。对于HPV的检测,临床上传统方法大多采用血清学方法、巴氏涂片、液基细胞薄层技术等检测方法,操作复杂,主观性大,结果缺乏准确性,特异性和灵敏性都不够理想,为HPV的临床诊断治疗带来很大困难。随着分子诊断技术的不断发展,以核酸探针杂交的分子生物技术成为HPV分型检测的主流方式,而基于微阵列的反向杂交技术在HPV分型检测方面的应用与传统方法相比,具有更高的灵敏性和特异性,可以同时用于多个样本和多种基因型分型。近年来,微流控技术在分子诊断领域的应用得到长足发展。将微阵列试验所需的多种设备功能整合到一块手掌大小的芯片上,微流控与微阵列的技术结合可实现较少的样本和试剂的使用量和减少孵育所需时间,且纳米溶液体积微通道中的高表面积体积比极大地提高了检测灵敏度。本研究构建了一种集成样本核酸提取、多聚酶链式反应（PCR）扩增、基于微阵列的反向斑点杂交和结果分析功能的手掌大小的微流控芯片,其可对样品中24种HPV基因型同时进行检测。目的:将传统HPV基因型检测所需的样本核酸提取、目的核酸扩增、扩增产物分析步骤集成在本研究所提出的微流控芯片上进行,同时可一次性检测24种HPV基因型。此外,对其检测过程进行优化,并对优化后的微流控芯片的检测性能进行实验评估。方法:（1）微流控芯片设计与制作:以聚苯乙烯为原材料制作微流控芯片主体,层压上用以多重PCR扩增的PCR联排管,嵌入包含24种HPV基因型检测探针的微阵列用以反向斑点杂交检测,从而对HPV临床样本进行24种HPV基因型的检测。（2）以24种HPV基因序列中L1区的保守序列设计扩增引物和检测探针,对各基因型上下游引物进行简并,确定8条上游引物和7条下游引物,在引物3’端预先以生物素标记,检测探针则用于制作DNA微阵列。（3）收集2019年5月至2021年1月中国科学技术大学附属第一医院检验科110例宫颈疾病门诊患者的宫颈拭子样本,且所有样本均在患者未进行任何治疗前收集。（4）筛选以PRD和PCRD驱动的泵液通路,计算多次泵液总量并在同一芯片不同芯片单位相同泵液途径进行对比,计算微泵的总体泵液偏差以评估该微流控系统的泵液精度。（5）以3种不同磁珠在微流控芯片上进行核酸提取步骤,对提取核酸进行定量PCR检测,对比核酸提取效率确定提取效率最高的磁珠种类。（6）以不同浓度的两种不同修饰的HPV16基因型探针制作微阵列,在不同杂交温度和时间的条件下进行杂交过程以优化杂交条件,并以不同浓度的HPV16核酸样本进行杂交过程以测算杂交灵敏度。（7）将24种HPV基因型国家标准参考品梯度稀释为不同浓度与HEK293细胞混合作为模拟样本以测试该芯片的检测限。（8）使用该微流控系统和经过中国国家药品监督管理局批准的同类检测试剂盒分别对150例临床样本进行检测,并比较两种检测方法的检测结果以评估该微流控系统的临床应用表现。结果:在本研究构建的微流控芯片上,以化学细胞裂解和硅基磁珠吸附核酸的原理提取样本核酸,加入引物开始扩增循环,扩增产物在95℃条件下解链成单链DNA与DNA微阵列在45℃条件下杂交10分钟,最后加入显色液进行显色反应,根据显色结果判断检测结果。（1）筛选的PRD泵液通路为RR-SR,PCRD泵液通路为ER-MM1,经测算PRD的泵液总体CV为15.97%,PCRD的总体CV为21.55%。（2）使用3种不同品牌磁珠提取的核酸经RT-PCR定量检测对比,Magsibeads-Allround在微流控芯片中的提取效率最高（65±5%）。（3）在45℃条件下杂交10分钟为最优条件,在该微流控芯片进行反向斑点杂交的杂交灵敏度为100Pm。此外制作微阵列的探针浓度越高,杂交结果越好,而两种不同修饰探针的杂交结果没有明显差异。（4）使用含有不同浓度24种HPV基因型质粒的模拟样本进行检测,测算出该微流控芯片的最低检测限为103copies/m L。（5）通过与经国家药监局批准的人乳头瘤病毒检测试剂盒检测结果对比,检测结果一致,显示该微流控系统可应用于临床样本检测。结论:本研究构建的微流控芯片集成了样本核酸提取、目的核酸扩增、反向斑点杂交和结果分析功能,对于24种HPV基因型的检测具有较高的检测灵敏度,同相同类型的试剂盒产品对比,表明该芯片具有应用于临床样本检测的潜力。
刘婷婷[5]（2021）在《流式细胞术在微生物检测中应用研究》文中指出食品质量安全不仅与微生物的种类有关,而且与微生物的数量密切相关。长期以来,食品微生物的检测以培养法为金标准,虽然灵敏度符合市场需求,但也存在结果不全面、实验时间长、操作要求高等局限性。本课题利用流式细胞术,建立了水中微生物的检测方法,构建了Cyto MICRO试剂盒,搭建了乳制品中微生物快速检测云平台,开展了方法、试剂盒与系统在乳及乳制品实际样品微生物检测的应用研究。饮用水安全对于我们生活与生产至关重要,世界上每3人有1人无法获得安全饮水,水中微生物的快速检测方法成为研究的热点。本文以流式细胞术为方法,水中微生物为对象,建立了基于流式细胞术的水中微生物的快速检测方法。利用人工污染样结果表明:荧光染料SYTO?9最佳添加量为5μL,荧光染料PI最佳添加量5μL,36±1℃下最佳染色孵育时间为10min,进样速度为30μL/min,上机检测时间为60s。人工污染样微生物浓度在103cell/m L～106cell/m L范围内,相对标准偏差小于5%,具有良好的重复性。由于水样中微生物浓度较低,需要进行前处理,研究中采用滤膜富集方法,实验结果表明:富集滤膜材质为水系MCE膜,滤膜孔径为0.22μm,样品富集量为1000m L,最终检测结果的回收率为86.67%。利用该方法对学校某大楼的自来水进行实样检测,结果表明:微生物总数为1.65×105cell/m L～2.04×105cell/m L,活性细菌数量约为2.61×103cell/m L～4.00×103cell/m L,同时开展的以GB/T5750.12-2006平板计数法,得水中菌落总数<100CFU/m L。两种方法的结果存在差异,分析表明,可能原因是,自来水中营养物质匮乏,微生物处于亚致死或休眠状态,现行国标方法仅能培养好氧微生物,而流式细胞术能对样品中所有的生物性颗粒物进行直接计数,因此,通过流式细胞术获得的微生物数远大于国标法微生物计数结果。本文构建了基于流式细胞术的Cyto MICRO试剂盒,制定了Cyto MICRO--发酵乳中乳酸菌计数操作规范。以ISO16140和SN/T2775-2011为评价依据,GB4789.35-2016为参比方法对试剂盒进行了效能评价与优化。结果表明:本试剂盒方法的最低检测限为103cell/m L;在设置的三种温度下检测结果显着性水平P>0.05,耐变性良好;对于检测的样品,靶标微生物的终浓度控制在103-107cell/m L,重现性为RSD小于10%;本试剂盒在0-4℃避光下可保存10周。利用试剂盒对市售21份发酵乳产品进行检测,采用流式细胞术的检测方法的结果与GB4789.35-2016平板计数法结果相关性P=0.9318。实践中,流式细胞术在微生物检验中的推广仍存在不少难题,如流式细胞仪较昂贵,结果分析需要较多的经验积累等。课题组开发了乳制品中微生物快速检测云平台,用户登录APP,在手机端与中央实验室的PC端实现数据的传递,按要求递送样品,通过在中央实验室部署的流式细胞仪,对样品进行检测,对数据进行分析,结果通过云端传递,搭建了采样-送样-检测-分析闭环架构。可解决方法仪器单价高,结果解读困难的问题,有助于流式细胞术微生物检测技术的推广。
时秀全,秦虹[6]（2020）在《食源性致病菌高通量检测方法研究进展》文中研究说明食品常面临多种致病菌同时污染的风险,常规食源性致病菌检测方法一次只能检测一种致病菌,无法满足快速高效检测的需求。因此,建立食源性致病菌快速高效的检测新方法对有效应对食品安全问题具有重要意义。高通量检测方法如聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）、生物传感器法、微流体技术、DNA微阵列技术等能在单次分析运行中同时检测多种致病菌,从而减少检测时间和成本,已被应用于多种食源性致病菌的快速高效检测。本文重点综述了这4种方法的基本原理、特点,以及近几年来其在食源性致病菌检测方面的应用研究进展。
窦敏[7]（2020）在《DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究》文中认为研究目的:采用DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因,为临床诊治提供实验依据。研究方法:收集整理青岛市胸科医院2018年7月1日-2019年12月31日结核科收住的痰涂片阳性的肺结核患者,同时行传统痰结核分枝杆菌培养及药敏试验、DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌的耐药性,且两项均有阳性结果回复的患者。所有患者入院后均留取晨痰2份分别送检进行传统痰结核分枝杆菌培养及药敏、DNA微阵列芯片法检测。传统培养及药敏采用改良罗氏培养法及菌种初步鉴定,并行比例法抗结核药物敏感性试验。以传统培养及药敏试验结果为金标准。DNA微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验对利福平耐药性监测结果进行比较;对耐多药检测结果进行比较;总结基因位点突变情况。研究结果:1.对入选的416例患者的样本结果进行比较,以传统培养及药敏试验结果为金标准,DNA微阵列芯片法检测利福平耐药的敏感度为84.3 1%,特异度为99.18%,一致率为97.36%,阳性预测值为93.48%,阴性预测值为97.84%。X2=1.45,P>0.05。对两组的利福平耐药性监测情况进行比较,不具有明显的差异。2.我们在DNA微阵列芯片法中共检测出基因突变46例,其中真耐药43例,假耐药3例。真耐药中有36例发生rpoB 531位点突变,突变率78.26%;4例发生rpoB 526位点突变,1例发生rpoB 516位点突变,1例发生rpoB 511和rpoB 516同时突变,1例发生rpoB 511和rpoB 526同时突变。假耐药的3例中,1例发生rpoB516位点突变,2例发生rpoB 511位点突变。3.对入选的416例患者的样本结果进行比较,以传统培养及药敏试验结果为金标准,DNA微阵列芯片法检测耐多药结果的敏感度为89.29%,特异度为80.00%,一致率为81.67%,阳性预测值为80.65%,阴性预测值为88.89%。研究结论:通过对DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的效果评价,证实此检测方法具有较高的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值,与传统的结核分枝杆菌培养药敏试验一致率高。而且该方法检测时间短,结果可靠,价格相对经济,值得被应用于临床结核病耐药的诊断及指导耐药方案的调整。
程姣[8]（2019）在《基于组织特异表达基因的药物靶标发现》文中研究指明组织特异表达基因是在一种组织类型中特异或高选择表达的基因。不少前期研究发现组织特异表达基因与疾病高度相关,且疾病基因倾向于在疾病发生组织表达。因此,识别组织特异表达基因有助于更好地理解组织与基因的关系及新型组织特异性药物靶点的发现。本论文在已有的工作基础上,开发了一种计算组织特异表达基因分数的新方法,用于在相关疾病的发生部位快速寻找特异表达基因,以作为潜在药物靶点。基于这个思路,本论文下载了6个二代测序数据集与4个微阵列数据集的组织相关基因表达数据,共涉及105个组织10,428个样本的基因表达情况。通过计算特异性系数SPM值和组织特异性分数Tscore值识别了6,156个组织特异蛋白质编码基因。通过与其他4个主流的组织特异表达基因数据库的比较分析,证明我们的方法假阳性低,准确性高,且发现了 1,355个新的组织特异表达基因。我们也进一步比较了组织特异表达基因在蛋白质水平的组织特异表达情况,发现了421个无论基因水平还是蛋白水平都在同一组织中特异表达的蛋白。我们通过检索基因-疾病关系数据库DisGeNET获取了这421个蛋白的关联疾病信息,并结合医学主题词表MeSH确定疾病的发生组织。最终,我们发现了 11个潜在的药物靶标,并开展了文献验证。综上所述,本论文基于计算特异性系数SPM值和组织特异分数Tscore值的方法能很好地识别组织特异表达基因,并辅助新型组织特异性药物靶点的发现。
尹磊[9]（2019）在《ETT2和phoP在禽致病性大肠杆菌生物被膜形成及致病性研究》文中研究指明禽大肠杆菌病是严重危害养禽业的细菌性传染病之一,因其复杂多变的血清型导致难以有效防控,对养禽业造成严重损失。同时,APEC作为人类肠外致病性大肠杆菌（ExPEC）的毒力基因贮存库,其携带的毒力基因可通过基因漂移进入食物链,间接对人类健康造成严重威胁。因此,加强对APEC的预防和控制具有重要的公共卫生学意义。生物被膜作为APEC的致病因子之一,它的形成能增强APEC抗宿主免疫系统和提高在环境中的生存能力,同时它还可以降低对抗菌药物的敏感性,进而增强了 APEC的致病性。这对预防和控制APEC提出了严峻的挑战,迫切需要开展与生物被膜的生理特征及致病性相关的研究。毒力调控因子通过毒力调控网络介导毒力相关基因的表达,进而影响细菌的致病性,这些毒力调控网络涉及细菌的分泌系统,二元调控系统等。大肠杆菌三型分泌系统2（ETT2）作为类似沙门氏菌SPI-1的一种分泌系统,它的出现使得APEC的致病机制变得更为复杂;phoP作为APEC二元调控系统的转录调节因子,它可以调节细菌的多种生命活动,然而,ETT2和phoP与生物被膜形成相关功能及致病机制尚不清楚。本文通过对ETT2和phoP在禽致病性大肠杆菌生物被膜形成和致病作用的研究,为进一步深入的了解禽致病性大肠杆菌的致病机制提供理论研究基础,最终为防控APEC感染提供新的治疗途径。主要研究内容如下:1.ETT2缺失对APEC生物被膜形成及致病性的影响为解析ETT2基因组分在APEC临床分离株中的分布规律,选择ECs3703和ECs3737作为ETT2毒力岛检测标志基因,同时检测含有ETT2的APEC菌株中ETT2的基因成分的完整性,结果发现64.4%（47/73）APEC临床分离株中含有ETT2毒力岛,其中含有ETT2毒力岛的O1血清型APEC菌株为14.9%（7/47）,O2 血清型 APEC 菌株为 19.1%（9/47）,O78 血清型 APEC 菌株为 10.6%（5/47）,55.4%（26/47）为非“O1/O2/O78”血清型的 APEC 菌株。此外,APEC-ETT2 簇 eiv操纵子中存在8.8-kb难因缺失,其从eivJ（ecs3727）截断到eivF（ecs3734）。在此基础上,构建了 ETT2全基因簇的缺失株,实验结果表明缺失了 ETT2后,APEC生物被膜形成能力增强,对丁胺卡那和卡那霉素的耐药性增强,在热和氧化休克环境中的存活率显着增强,而在酸应激条件下存活率显着下降,同时,ETT2的缺失减少了鞭毛合成蛋白（flgN/flgM/fliR）和鞭毛丝成分基因（flgB/flgC/flgF）的转录水平表达量的显着下调,Ⅰ型菌毛基因表达量的上调,导致APEC的运动性下降,与DF-1细胞黏附性增强。此外,我们发现ETT2的缺失导致APEC的外膜组分LPS的完整性发生变化,细菌抗血清杀菌能力增强。为寻找ETT2是否分泌出效应蛋白,以及是否能影响其它分泌系统效应蛋白的表达分泌,通过分析ETT2缺失株与野生株的胞外分泌蛋白,结果表明缺失了 ETT2后,胞外分泌蛋白的表达量降低了,其成分包含了大量的鞭毛相关蛋白表达量下调,同时我们通过转录组数据发现了与T3SS相关的毒力效应蛋白的基因表达量也发生了变化,此外,ecs3717和ecs3718这两个ETT2的组分基因也发生了差异变化,在转录组数据中被注释为效应蛋白。这些研究结果为进一步了解ETT2的功能,解析其在APEC中的致病机制提供参考。2.ETT2分子伴侣ygeG在APEC生物被膜形成及致病性中的作用分析T3SS中分子伴侣对细菌分泌效应蛋白行使其致病性至关重要,但是ETT2中的分子伴侣功能尚未证实。在这里,我们通过生物信息学预测和鉴定了新的ETT2分子伴侣ygeG,构建了 ygeG基因缺失株和回复株。我们的实验结果表明,ygeG的缺失导致APEC生物被膜,运动性,在氧化应激条件下的存活率,细胞粘附及抗血清杀菌都出现了不同程度的增强,qRT-PCR结果显示与这些生命活动相关的基因的转录水平均呈现显着性上调,同时,ygeG的缺失导致抗逆性基因yhbO/hdeB转录水平下调,APEC在热休克,酸休克以及高渗环境中的存活率下降。此外,ygeG能影响T3SS效应蛋白基因espL/espX的转录水平。本研究证实了ygeG缺失后在APEC中所表现出的对细胞的生物学特性及毒力相关的影响与ETT2缺失后的实验结果非常相似,而且ygeG缺失后影响了 ETT2编码的yqeH（ecs3703）的转录水平上调,经分析yqeH为转录调节因子,这些结果表明,ygeG可负反馈调控转录调节因子yqeH的转录水平,通过yqeH调控下游靶基因的表达,最终贡献于ETT2的功能。3.ETT2转录调节子yqeH调控APEC生物被膜形成及致病性的分子机制ETT2存在于大多数大肠杆菌菌株中,并且在参与细菌致病性中起非常重要的作用。调节因子对ETT2发病机制的作用至关重要,但ETT2调节因子的功能尚未完全证实。在这里,我们显示yqeH,一种属于LuxR家族的新转录调节因子。我们开展了相关工作来研究ETT2-yqeH在APEC中的作用,我们构建了 yqeH基因缺失株和回复株,实验结果表明yqeH缺失降低了 APEC的生物被膜形成及运动性,涉及多个与生物被膜形成相关的基因和鞭毛组装基因的转录水平下调,p-半乳糖苷酶试验和EMSA证实了yqeH调控的靶基因fliT与APEC的运动性相关,yqeH调控的靶基因lsrF与APEC生物膜的形成相关,我们还发现APEC40-yqeH通过影响生物被膜形成和调节应激抗性基因的转录来影响不同环境中细菌的存活率。此外,我们的研究表明,APEC40-△yqeH菌株与DF-1细胞的粘附性降低是由于yqeH的缺失减少了Ⅰ型菌毛的转录水平。同样,我们发现yqeH的突变体减少了 O-抗原形成蛋白基因的转录,这可能是血清抗性缺陷的原因。它可能为分析ETT2参与细菌性败血症的机制提供依据。这些发现表明ETT2调节因子yqeH参与APEC的生物被膜形成,运动和致病性。4.PhoP调控APEC生物被膜形成及致病性的分子机制本研究基于前期实验室已构建的phop缺失株,并进行了相关工作的基础上,发现phoP缺失后影响了脂多糖途径中与糖链相关的基因合成,从而影响细菌细胞表面的疏水性和自身凝集。此外,phoP可以调节细菌鞭毛和卷曲菌毛的菌毛蛋白的组装,从而影响生物被膜的形成。最终,phoP缺失影响了细菌的多重耐药性。为了进一步解析phoP在APEC中的生物被膜形成及致病机制,通过基因芯片的表达谱数据筛选出差异基因tolC,结合生物信息学预测出phoP结合序列的特异性序列标识,并采用EMSA进行了验证,结果显示phoP可直接结合tolC的启动子。在此基础上构建了 tolC的缺失株和回复株,通过结晶紫染色去量化生物被膜形成以及观察rdar形态的改变,结果也证明了 tolC的缺失会降低生物被膜的形成,这也进一步阐明phoP影响细菌生物被膜形成的作用机制。phoP的缺失会降低APEC对雏鸡的致病性,phoP调控的靶基因tolC发挥了重要作用。我们通过攻毒雏鸡,观察病变组织和病理切片,结果也证明tolC的缺失后,雏鸡包心,肝脏、脾脏肿大的症状减轻,对宿主细胞的致病性下降,qRT-PCR结果发现,tolC的缺失影响了 T2SS分泌毒力效应蛋白元件的基因secA/ecB/secE/secy转录水平发生下调。我们的结果揭示了 phoP影响APEC生物被膜形成及对雏鸡致病性的作用机理,为全面认识禽致病性大肠杆菌致病机制提供参考。综上,本文从大肠杆菌三型分泌系统2（ETT2）和二元调控系统转录调节子phoP入手,阐明了 ETT2和phoP在APEC生物被膜形成以及致病性中的作用机制,即ETT2分子伴侣ygeG可负反馈调控转录调节因子yqeH的转录水平,通过yqeH调控下游靶基因的表达,最终贡献于ETT2参与APEC的生物被膜形成和致病性;转录调节因子phoP通过调控靶基因tolC影响APEC生物被膜的形成和致病性。这些研究结果为进一步揭示APEC的致病机制提供理论参考。
王媛媛[10]（2018）在《硅基微米坑阵列ELISA芯片制备研究》文中认为微阵列芯片技术可以大幅降低免疫检测的样品用量和试剂用量,并且可以同时提高检测的并行化和多重化水平,因而成为近年来免疫检测技术研究的热点。微米球是常见的生物分子固相载体,其表面可被多种活性基团修饰,便于以多种方式固定生物大分子,因此被广泛应用于DNA分子杂交、测序和蛋白质相互作用等领域的研究中。本文的目标是制备基于微米球的微米坑阵列的ELISA芯片。首先,设计DNA发卡结构,再选择用于固定DNA和蛋白质的交联剂,并将DNA和蛋白质同时固定到微米球表面,最后制备微米坑阵列ELISA芯片。本研究根据这个主题主要开展了几个方面的工作。设计氨基标记的单链DNA的序列使其能在复性后形成发卡结构DNA,通过20%非变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测验证该序列单链DNA在复性后可以形成实验预期的发卡结构DNA。为了确定DNA和抗体在微米球上的固定效果,对两种常用交联剂戊二醛和碳二亚胺/N-羟基琥珀酰亚胺磺酸钠盐（EDC/sulfo-NHS）的交联效果做了比较。将表面修饰氨基和羧基的两组直径为4μm的微米球,分别用戊二醛和EDC/sulfo-NHS活化,进一步交联等摩尔浓度的发卡DNA和人TNF-?捕获抗体,结果表明戊二醛的固定效果优于EDC/sulfo-NHS。从而选择戊二醛为交联剂将Cy3标记的发卡DNA和藻红蛋白（R-PE）分别固定到微米球表面并进行荧光观察,再通过调整DNA和蛋白质的比例将FAM标记的发卡DNA和R-PE同时固定到微米球上并观察荧光,为实现用DNA序列编码的微米球上多种生物标志物ELISA检测奠定了基础。在本实验室前期微米坑-微米球阵列工作基础上,制备了基于微米球的DNA微阵列和蛋白质微阵列。用戊二醛将人CD40捕获抗体固定到微米球表面,再依次结合人CD40抗原、生物素标记的人CD40检测抗体和链霉亲和素标记的R-PE（SA-RPE）或链霉亲和素标记的β-半乳糖苷酶（SA-SβG）,在微米球表面形成免疫复合体。将免疫复合体装载到微米坑阵列中获得荧光免疫芯片或ELISA芯片,并在封闭的微米坑芯片上进行ELISA反应,验证硅基微米坑芯片上ELISA的检测潜力,为实现高度多重化、高度并行化和低检测限检测奠定基础。此外,为了将来检测自动化,还设计制备了与微米坑芯片相匹配的微流控系统。
二、DNA微阵列技术的研究应用进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、DNA微阵列技术的研究应用进展（论文提纲范文）
（1）基因组学在椎间盘退变遗传病因学研究中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 GWAS在IDD研究中的应用 |
| 2 WES在IDD研究中的应用 |
| 3 DNA微阵列在IDD研究中的应用 |
| 4 表观基因组学在IDD研究中的应用 |
| 5 总结 |
（2）DNA微阵列原位化学合成（论文提纲范文）
| 1 DNA固相化学合成原理及技术路径 |
| 2 DNA芯片原位合成法 |
| 2.1 原位光刻合成技术（原位光刻法） |
| 2.2 光敏抗蚀层合成法 |
| 2.3 光致酸法 |
| 2.4 喷印合成法 |
| 2.5 软光刻合成法 |
| 2.6 电致酸法 |
| 3 总结与展望 |
（3）新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 疾病早期诊断的背景及意义 |
| 1.2 现有的疾病诊断方法 |
| 1.3 现场快速检测方法概括 |
| 1.4 生物芯片技术概括 |
| 1.4.1 寡核苷酸芯片 |
| 1.4.2 蛋白质芯片 |
| 1.4.3 微流控芯片 |
| 1.4.4 传统生物芯片信号检测技术 |
| 1.5 新型生物芯片检测方法概括 |
| 1.5.1 CD/DVD/BD生物传感器 |
| 1.5.2 基于便携式CMOS和CCD图像的检测技术 |
| 1.6 本文研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 新型生物芯片基底—蓝光光盘膜的研究及其生物阵列的制备 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.1.1 试剂与仪器 |
| 2.2.1.2 缓冲液的配置 |
| 2.2.2 BD光盘膜表面性能研究 |
| 2.2.3 基于微流控技术的DNA阵列的制备 |
| 2.2.4 BD膜表面纸基通道的设计和生物阵列的制备 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 BD膜表面活化效果和材料表征 |
| 2.3.2 BD膜表面DNA阵列检测 |
| 2.3.3 BD膜表面基于纸基通道的链霉亲和素检测 |
| 2.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于标准光盘/光驱数字化检测技术的新生儿感染性疾病敏感指标联合快速检测 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 Mini DVD表面墨点的制备与读取 |
| 3.2.3 Mini DVD表面三明治免疫反应结构制备 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 Mini DVD数字化检测体系研究 |
| 3.3.2 CRP、SAA和PCT三明治免疫法检测的条件优化 |
| 3.3.3 CRP、SAA和PCT的定量检测 |
| 3.3.4 CRP、SAA和PCT的同时检测 |
| 3.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 DNA微阵列在埃博拉病毒诊断中的应用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.1.1 主要试剂与仪器 |
| 4.2.1.2 缓冲液的配制 |
| 4.2.2 埃博拉病毒检测材料和探针的设计 |
| 4.2.3 质粒DNA提取和RT-PCR |
| 4.2.4 DNA杂交芯片的制备 |
| 4.3 实验结果与讨论 |
| 4.3.1 DNA杂交检测原理 |
| 4.3.2 芯片表面活化和DNA杂交阵列制备 |
| 4.3.3 DNA杂交反应条件优化 |
| 4.3.4 互补配对DNA链的杂交定量检测 |
| 4.3.5 特异性研究 |
| 4.3.6 埃博拉病毒检测 |
| 4.4 本章小结 |
| 4.5 参考文献 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 完成的主要工作 |
| 5.2 工作计划和展望 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（4）微流控芯片技术结合多重PCR-反向斑点杂交原理同时检测24种人乳头瘤病毒基因型的方法学研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 综述 人乳头瘤病毒与宫颈癌及其检测方法 |
| 参考文献 |
（5）流式细胞术在微生物检测中应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 食品中微生物快速检测方法 |
| 1.1.1 免疫学法 |
| 1.1.2 分子生物学法 |
| 1.1.3 代谢学法 |
| 1.1.4 流式细胞术 |
| 1.2 流式细胞术在食品中微生物检测的研究进展 |
| 1.2.1 流式细胞仪的结构与检测原理 |
| 1.2.1.1 流式细胞仪的结构组成 |
| 1.2.1.2 分析型流式细胞仪检测原理 |
| 1.2.1.3 分选型流式细胞仪检测原理 |
| 1.2.2 流式细胞术在食品中微生物检测的应用 |
| 1.2.2.1 流式细胞术在食品中微生物计数的应用 |
| 1.2.2.2 流式细胞术在食品中微生物的生理活性检测的应用 |
| 1.2.2.3 流式细胞术在食品中致病菌检测的应用 |
| 1.2.2.4 流式细胞术对食品中微生物进行实时监测的应用 |
| 1.2.2.5 流式细胞术在益生菌检测中的应用 |
| 1.3 水中微生物检测研究背景 |
| 1.3.1 水环境污染现状 |
| 1.3.2 水环境中致病菌种类 |
| 1.3.3 水环境污染来源种类 |
| 1.3.3.1 水源污染 |
| 1.3.3.2 二次供水污染 |
| 1.3.4 水中细菌检测方法 |
| 1.3.4.1 异养菌平板计数法 |
| 1.3.4.2 聚合酶链式反应(PCR) |
| 1.3.4.3 DNA微阵列技术 |
| 1.3.4.4 生物传感器法 |
| 1.3.4.5 流式细胞术 |
| 1.4 试剂盒构建的研究背景 |
| 1.5 本文研究目的与意义 |
| 第2章 基于流式细胞术水中微生物检测方法的建立 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 实验试剂 |
| 2.2.2 工作液的配制 |
| 2.2.3 实验菌株 |
| 2.2.4 实验仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 本章实验流程 |
| 2.3.2 试验菌的培养与模拟样的制备 |
| 2.3.3 检测方法与检测方式确定 |
| 2.3.4 荧光染料添加量与染色孵育时间的优化实验 |
| 2.3.5 进样速度与读取时间的优化实验 |
| 2.3.6 检测活性分析 |
| 2.3.7 检测结果重复性 |
| 2.3.8 实样检测 |
| 2.4 实验结果与分析 |
| 2.4.1 流式细胞术检测群落分布 |
| 2.4.2 检测方法与检测方式 |
| 2.4.3 荧光染料添加量与孵育时间的确定 |
| 2.4.4 进样速度与数据读取时间的确定 |
| 2.4.5 检测活性分析 |
| 2.4.6 检测结果重复性分析 |
| 2.4.7 实样检测结果 |
| 2.5 本章小结 |
| 第3章 滤膜法结合流式细胞术检测水中微生物 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 实验试剂 |
| 3.2.2 实验菌株 |
| 3.2.3 实验仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 本章实验流程 |
| 3.3.2 模拟样制备 |
| 3.3.3 滤膜装置系统与滤膜准备 |
| 3.3.4 不同材质的滤膜检测 |
| 3.3.5 不同孔径的滤膜检测 |
| 3.3.6 不同样品量富集量的检测 |
| 3.4 实验结果与分析 |
| 3.4.1 不同材质的滤膜检测 |
| 3.4.2 不同孔径的滤膜检测 |
| 3.4.3 不同样品量富集检测分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第4章 CytoMICRO试剂盒的构建与使用 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 实验试剂 |
| 4.2.2 实验仪器 |
| 4.2.3 实验样品 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 CytoMICRO试剂盒组成与检测流程 |
| 4.3.2 CytoMICRO试剂盒检测限 |
| 4.3.3 CytoMICRO试剂盒耐变性 |
| 4.3.4 CytoMICRO试剂盒重现性 |
| 4.3.5 CytoMICRO试剂盒的保存温度与保存时间 |
| 4.3.6 市售发酵乳与发酵乳饮料试剂盒检测前处理条件的确定 |
| 4.3.7 试剂盒方法与平板计数法检测市售发酵乳与发酵乳饮料 |
| 4.4 实验结果与分析 |
| 4.4.1 CytoMICRO试剂盒检测结果展示 |
| 4.4.2 CytoMICRO试剂盒检测限 |
| 4.4.3 CytoMICRO试剂盒耐变性分析 |
| 4.4.4 CytoMICRO试剂盒重现性分析 |
| 4.4.5 CytoMICRO试剂盒保存温度与保存时间 |
| 4.4.6 发酵乳与发酵乳饮料前处理条件的确定 |
| 4.4.7 试剂盒方法与平板计数法检测市售发酵乳与发酵乳饮料 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 乳制品中微生物快速检测云平台展示与使用 |
| 5.1 快速检测平台检测流程的整体架构 |
| 5.2 检测信息管理平台服务 |
| 5.3 安全策略 |
| 5.4 快速检测云平台的后台管理系统展示 |
| 5.4.1 云平台系统管理员登录 |
| 5.4.2 云平台系统管理 |
| 5.4.3 云平台用户管理 |
| 5.4.4 云平台二维码管理 |
| 5.5 云平台检测前台展示 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的研究成果 |
| 致谢 |
（6）食源性致病菌高通量检测方法研究进展（论文提纲范文）
| 1 基于PCR技术的高通量检测 |
| 1.1 多重PCR |
| 1.2 多重实时荧光定量PCR |
| 1.3 多重微滴数字PCR |
| 2 生物传感器 |
| 2.1 光学生物传感器 |
| 2.1.1 表面等离子体共振生物传感器 |
| 2.1.2 表面增强拉曼光谱生物传感器 |
| 2.2 电化学生物传感器 |
| 3 微流体技术 |
| 4 DNA微阵列技术 |
| 5 结语 |
（7）DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一章 资料和方法 |
| 研究对象 |
| 标本采集 |
| 指标检测 |
| 1.用改良罗氏培养法及菌种初步鉴定,并行比例法抗结核药物敏感性试验 |
| 2.用DNA微阵列芯片法(结核分枝杆菌耐药基因检测试剂盒)检测结核分枝杆菌的耐药性 |
| 统计学分析 |
| 第二章 研究结果 |
| 1.DNA 微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验对利福平耐药性监测结果的比较 |
| 2.DNA 微阵列芯片法检测利福平耐药基因相关突变位点情况 |
| 3.DNA 微阵列芯片法与传统结核分枝杆菌培养及药敏试验的耐多药检测结果比较 |
| 4. DNA 微阵列芯片法检测耐多药基因相关突变位点情况 |
| 第三章 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的研究成果 |
| 附录 中英文缩略词对照表 |
| 致谢 |
（8）基于组织特异表达基因的药物靶标发现（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 组织特异表达基因 |
| 1.1.1 组织特异表达基因的定义 |
| 1.1.2 组织特异表达基因的生物学意义 |
| 1.1.3 组织特异表达基因的应用 |
| 1.2 组织特异表达基因研究进展 |
| 1.2.1 组织特异表达基因数据库 |
| 1.2.2 发现组织特异表达基因方法 |
| 1.3 组织特异表达基因为潜在药物靶点 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验设计 |
| 2.2 数据收集 |
| 2.2.1 组织基因表达谱收集 |
| 2.2.1.1 DNA微阵列数据集 |
| 2.2.1.2 RNA-seq数据集 |
| 2.2.2 疾病信息 |
| 2.2.3 药物靶标信息 |
| 2.3 组织名标准化 |
| 2.4 组织基因表达数据预处理 |
| 2.4.1 微阵列数据的预处理 |
| 2.4.2 二代测序数据预处理 |
| 2.5 组织特异表达基因计算方法 |
| 2.5.1 基因特异性系数SPM值计算方法 |
| 2.5.2 组织特异分数Tscore的计算 |
| 2.6 疾病分级 |
| 2.7 潜在药物靶标验证 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 发现组织特异表达基因 |
| 3.1.1 组织特异表达基因的发现 |
| 3.1.2 基因的组织特异性整合评估 |
| 3.2 组织特异表达基因的准确性评估 |
| 3.3 组织特异表达基因功能分析 |
| 3.4 组织特异表达基因中的药物靶点 |
| 3.5 组织特异表达基因在蛋白质水平的表达情况 |
| 3.6 药物潜在靶标发现 |
| 3.6.1 关联疾病信息 |
| 3.6.2 确定药物潜在靶标 |
| 3.6.3 潜在药物靶标验证 |
| 3.6.4 药物潜在靶标的成药情况 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 附录 |
| 附录A 组织名称匹配标准表 |
| 附录B 421个组织特异表达蛋白 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士研究生期间发表的文章 |
| 致谢 |
（9）ETT2和phoP在禽致病性大肠杆菌生物被膜形成及致病性研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 术语和缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 肠道外致病性大肠杆菌研究进展 |
| 1.1 致病性大肠杆菌简介 |
| 1.2 肠道外致病性大肠杆菌致病机理 |
| 2 禽致病性大肠杆菌研究进展 |
| 2.1 禽致病性大肠杆菌特征 |
| 2.2 禽致病性大肠杆菌疾病综合症 |
| 2.3 禽致病性大肠杆菌毒力因子 |
| 2.4 禽致病性大肠杆菌致病机理 |
| 3 大肠杆菌Ⅲ型分泌系统2毒力岛研究进展 |
| 3.1 ETT2的基因特征 |
| 3.2 ETT2的分布与流行 |
| 3.3 ETT2的功能与机制 |
| 3.4 ETT2对细菌毒力的调控机制 |
| 4 转录调节因子phoP调控机制研究 |
| 5 大肠杆菌生物被膜研究进展 |
| 6 研究意义 |
| 第二章 ETT2缺失对APEC生物被膜形成及致病性的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要实验培养基、试剂及仪器 |
| 1.3 引物的设计 |
| 1.4 ETT2分布率及其基因组分完整性的检测 |
| 1.5 禽致病性大肠杆菌缺失株△ETT2的构建 |
| 1.6 生长曲线测定 |
| 1.7 生物被膜形成测定 |
| 1.8 菌株的耐药谱检测 |
| 1.9 运动性测定 |
| 1.10 抗逆性试验测定 |
| 1.11 细菌黏附实验 |
| 1.12 血清杀菌实验 |
| 1.13 LPS的制备及分析 |
| 1.14 胞外分泌蛋白的提取及分析 |
| 1.15 RNA-seq转录组测序 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 ETT2及其基因组分在临床分离株中的分布情况分析 |
| 2.2 禽致病性大肠杆菌△ETT2缺失株构建和鉴定 |
| 2.3 生长性能的差异比较 |
| 2.4 生物被膜形成能力比较 |
| 2.5 耐药性检测 |
| 2.6 野生株APEC40和缺失株△ETT2的运动性比较 |
| 2.7 野生株APEC40和缺失株△ETT2在不同环境中的存活率测定 |
| 2.8 细胞黏附试验结果 |
| 2.9 血清杀菌试验结果 |
| 2.10 APEC40和△ETT2表面脂多糖(LPS)成分分析 |
| 2.11 胞外分泌蛋白SDS-PAGE电泳结果 |
| 2.12 基于RNA-seq比较APEC40和△ETT2之间的转录差异 |
| 3 讨论 |
| 第三章 ETT2分子伴侣ygeG在APEC生物被膜形成及致病性中的作用分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要实验培养基、试剂及仪器 |
| 1.3 ygeG序列分析 |
| 1.4 ygeG缺失株及回复株构建 |
| 1.5 生长曲线测定 |
| 1.6 生物被膜形成能力分析 |
| 1.7 细菌运动性分析 |
| 1.8 抗逆性测定 |
| 1.9 细菌粘附分析 |
| 1.10 血清杀菌试验 |
| 1.11 LPS的制备及分析 |
| 1.12 RNA提取和实时荧光定量RT-PCR |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 APEC40中ETT2-ygeG的序列分析 |
| 2.2 禽致病性大肠杆菌ygeG缺失株及回复株的构建和鉴定 |
| 2.3 生长性能的差异比较 |
| 2.4 生物被膜形成能力比较 |
| 2.5 细菌运动性能比较 |
| 2.6 不同环境条件下的存活率比较 |
| 2.7 ygeG缺失对DF-1细胞黏附性的影响 |
| 2.8 抗血清杀菌能力比较 |
| 2.9 ygeG缺失对细菌外膜组分完整性的影响 |
| 2.10 ygeG缺失对T3SS分泌效应蛋白基因的转录水平影响 |
| 2.11 ygeG缺失对APEC40-ETT2基因簇组分的转录水平影响 |
| 3 讨论 |
| 第四章 ETT2转录调节子yqeH调控APEC生物被膜形成及致病性的分子机制 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要实验培养基、试剂及仪器 |
| 1.3 构建yqeH突变体和互补质粒 |
| 1.4 yqeH蛋白表达及纯化 |
| 1.5 生长曲线分析 |
| 1.6 生物被膜形成能力分析 |
| 1.7 生物被膜表面形态观察 |
| 1.8 细菌运动性分析 |
| 1.9 β-半乳糖苷酶活性测定 |
| 1.10 电泳迁移试验(EMSA) |
| 1.11 抗逆性测定 |
| 1.12 细菌粘附分析 |
| 1.13 血清杀菌试验 |
| 1.14 LPS的制备及分析 |
| 1.15 RNA分离和实时RT-PCR |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 APEC40中ETT2转录调节因子yqeH的序列分析 |
| 2.2 禽致病性大肠杆菌yqeH缺失株及回复株的构建和鉴定 |
| 2.3 表达载体pET32a-yqeH的构建及yqeH重组蛋白的纯化鉴定 |
| 2.4 yqeH基因的缺失对APEC40的生长没有影响 |
| 2.5 yqeH的失活降低了APEC40的生物被膜形成能力 |
| 2.6 生物被膜形成相关基因的转录水平分析 |
| 2.7 yqeH缺失导致鞭毛的运动性减少 |
| 2.8 转录调节因子yqeH结合P_(fliT)和P_(lsrF)启动子DNA |
| 2.9 yqeH基因的缺失可降低抗逆性 |
| 2.10 yqeH的突变降低了对DF-1细胞的粘附性 |
| 2.11 APEC40-yqeH是细菌血清抗性所必需的 |
| 2.12 yqeH对O-抗原表达的影响 |
| 3 讨论 |
| 第五章 PhoP调控APEC生物被膜形成及致病性的分子机制 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 菌株和质粒 |
| 1.2 主要实验培养基、试剂及仪器 |
| 1.3 生物被膜形成试验 |
| 1.4 自凝集试验 |
| 1.5 细胞表面疏水性试验 |
| 1.6 耐药性试验 |
| 1.7 基于DNA微阵列的分析 |
| 1.8 RNA提取和实时荧光定量RT-PCR |
| 1.9 构建tolC缺失株和回复株 |
| 1.10 生长曲线试验 |
| 1.11 Rdar试验 |
| 1.12 电泳迁移试验(EMSA) |
| 1.13 雏鸡攻毒观察病理学组织 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 敲除phoP可减少AE17的生物被膜形成 |
| 2.2 细菌细胞的基本特征影响生物被膜形成 |
| 2.3 生物被膜形成影响多药抗性 |
| 2.4 phoP的缺失改变了全局基因转录谱 |
| 2.5 转录调节因子phoP结合P_(tolC)启动子DNA |
| 2.6 tolC缺失株及回复株鉴定 |
| 2.7 生长性能差异比较 |
| 2.8 生物被膜形成能力比较 |
| 2.9 Rdar形态观察比较 |
| 2.10 病理组织学观察 |
| 2.11 tolC缺失对AE17-T2SS基因簇组分的转录水平影响 |
| 3 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（10）硅基微米坑阵列ELISA芯片制备研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 纳米球固定生物分子技术 |
| 1.1.1 纳米球概述 |
| 1.1.2 生物分子在固相载体上的常用固定方式 |
| 1.1.3 用交联剂在纳米球上固定生物分子 |
| 1.2 生物芯片技术 |
| 1.2.1 生物芯片技简介 |
| 1.2.2 DNA芯片 |
| 1.2.3 蛋白质芯片 |
| 1.2.4 微米坑芯片 |
| 1.2.5 微流控芯片 |
| 1.3 免疫检测技术 |
| 1.3.1 免疫技术简介 |
| 1.3.2 荧光免疫分析 |
| 1.3.3 酶联免疫分析 |
| 1.3.4 免疫检测技术的评价标准 |
| 1.4 本实验室的技术路线和本文的主要研究内容 |
| 1.4.1 本实验室的技术路线 |
| 1.4.2 本文的主要内容 |
| 第二章 基于戊二醛的微米球上DNA编码和蛋白质固定 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.1.1 实验材料与试剂 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 发卡DNA的设计、制备和电泳检测 |
| 2.2.2 分别用戊二醛和EDC/sulfo-NHS在微米球上固定发卡DNA |
| 2.2.3 分别用戊二醛和EDC/sulfo-NHS在微米球上固定人TNF-?捕获抗体 |
| 2.2.4 蛋白质浓度测定 |
| 2.2.5 用戊二醛在微米球上固定Cy3标记的发卡DNA |
| 2.2.6 用戊二醛在微米球上固定R-PE |
| 2.2.7 用戊二醛在微米球上同时固定发卡DNA和 R-PE |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 发卡DNA的制备 |
| 2.3.2 发卡DNA的琼脂糖凝胶电泳检测结果 |
| 2.3.3 发卡DNA的非变性聚丙烯酰氨凝胶电泳检测结果 |
| 2.3.4 戊二醛和EDC/sulfo-NHS在微米球上固定发卡DNA的效果比较 |
| 2.3.5 戊二醛和EDC/sulfo-NHS在微米球上固定捕获抗体的效果比较 |
| 2.3.6 微米球上Cy3-HP的固定 |
| 2.3.7 微米球上R-PE的固定 |
| 2.3.8 微米球上同时固定了发卡DNA和 R-PE |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 以微米坑为基底微米球为载体的DNA微阵列和蛋白质微阵列的制备 |
| 3.1 实验材料与仪器 |
| 3.1.1 实验材料与试剂 |
| 3.1.2 实验仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 硅基微米坑阵列的制作 |
| 3.2.2 准备微米坑阵列基片 |
| 3.2.3 微米坑阵列装载微米球 |
| 3.2.4 DNA微阵列的制备 |
| 3.2.5 蛋白质微阵列的制备 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 亲水性微米坑阵列基片 |
| 3.3.2 硅基微米坑内的微米球阵列 |
| 3.3.3 DNA微阵列 |
| 3.3.4 荧光蛋白R-PE微阵列 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 微米坑阵列荧光免疫芯片和酶联免疫芯片的制备 |
| 4.1 实验材料与仪器 |
| 4.1.1 实验材料与试剂 |
| 4.1.2 实验仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 基于微米球的微米坑阵列荧光免疫芯片的制备 |
| 4.2.2 基于微米球的微米坑阵列ELISA芯片的制备 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 微米球上的荧光免疫 |
| 4.3.2 基于微米球的微米坑阵列荧光免疫芯片 |
| 4.3.3 基于微米球的微米坑阵列ELISA芯片 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 与微米坑阵列匹配的微流控芯片的制备和应用 |
| 5.1 实验材料与仪器 |
| 5.1.1 实验材料与试剂 |
| 5.1.2 实验仪器 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 微流控芯片的设计 |
| 5.2.2 微流控模具的制作 |
| 5.2.3 浇注两层PDMS微流控基片 |
| 5.2.4 微流控的键合 |
| 5.2.5 微流控ELISA芯片的制备 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 制作的微流控模具 |
| 5.3.2 浇注的微流控PDMS基片 |
| 5.3.3 微流控芯片的键合效果 |
| 5.3.4 微流控ELISA芯片 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 全文总结 |
| 6.2 本文的创新点 |
| 6.3 后续工作展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 |
四、DNA微阵列技术的研究应用进展（论文参考文献）
- [1]基因组学在椎间盘退变遗传病因学研究中的应用进展[J]. 张立存,赵继荣,陈祁青,赵宁,陈文,徐兵,张天龙,杨涛,李玮农. 中国脊柱脊髓杂志, 2021(10)
- [2]DNA微阵列原位化学合成[J]. 闫汉,肖鹏峰,刘全俊,陆祖宏. 合成生物学, 2021(03)
- [3]新型便携式生物芯片技术的研究及其在疾病早期诊断中的应用[D]. 张玲玲. 太原理工大学, 2021(01)
- [4]微流控芯片技术结合多重PCR-反向斑点杂交原理同时检测24种人乳头瘤病毒基因型的方法学研究[D]. 王锐. 安徽医科大学, 2021(01)
- [5]流式细胞术在微生物检测中应用研究[D]. 刘婷婷. 上海师范大学, 2021(07)
- [6]食源性致病菌高通量检测方法研究进展[J]. 时秀全,秦虹. 卫生研究, 2020(04)
- [7]DNA微阵列芯片法检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的价值研究[D]. 窦敏. 青岛大学, 2020(01)
- [8]基于组织特异表达基因的药物靶标发现[D]. 程姣. 厦门大学, 2019(12)
- [9]ETT2和phoP在禽致病性大肠杆菌生物被膜形成及致病性研究[D]. 尹磊. 安徽农业大学, 2019(05)
- [10]硅基微米坑阵列ELISA芯片制备研究[D]. 王媛媛. 上海交通大学, 2018(06)